На протяжении 90-х и начала 2000-х годов считался одной из знаковых фигур в отечественной контркультуре. Взгляды Непомнящего эволюционировали от радикально левых к национально-патриотическим, а затем — к православно-консервативным, от непримиримости к существующей власти к сервилизму; его перу принадлежат несколько песен, ставших манифестами современной православной молодёжи, а статья «Православие и рок-музыка» (которую сам автор, впрочем, не считал удачной) стала важным аргументом в дискуссии о возможности диалога между рок-музыкантами и Церковью. После воцерковления поэта часть текстов (например «Ветхозаветная» из альбома «Темная сторона любви», где для описания отношения Бога к человеку использовалась обсценная лексика) были удалены из доступных к прослушиванию с сайта поэта.
С конца 90-х Непомнящий страдал от глиобластомы — злокачественной опухоли головного мозга. В Москве и других городах проходили благотворительные акции, на которых собирались деньги на лечение. Музыкант перенёс операцию в начале июня 2004 года; затем произошёл рецидив, и ещё одну операцию ему сделали 16 октября 2006 года.